蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的推測(cè)與測(cè)定
1、一級(jí)結(jié)構(gòu)測(cè)定
蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)的測(cè)定又稱蛋白質(zhì)順序分析，其基本方法是：①應(yīng)用化學(xué)裂解法和蛋白酶水解法將多肽鏈專一性裂解。②逐一測(cè)定每個(gè)純化的小肽段的順序。③根據(jù)肽段氨基酸順序中的重疊區(qū)確定小肽段的排列次序。④完成整條多肽鏈的順序分析。
盡管蛋白質(zhì)順序分析已經(jīng)自動(dòng)化，但仍然耗時(shí)、復(fù)雜并且昂貴。重組DNA技術(shù)出現(xiàn)后，人們可以從cDNA或基因序列直接推導(dǎo)出蛋白質(zhì)的氨基酸順序，速度快且經(jīng)濟(jì)，已成為zui常用的測(cè)定蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)的方法。
2、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)很大程度上決定了蛋白質(zhì)的功能，目前應(yīng)用X射線晶體衍射圖譜法和核磁共振法已測(cè)定出1萬(wàn)多種蛋白質(zhì)及其復(fù)合物的結(jié)構(gòu)，但與已測(cè)得的30多萬(wàn)種蛋白質(zhì)序列相比，還有很大的差距，大大地影響了人們對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能關(guān)系的研究。因此發(fā)展一種不依賴實(shí)驗(yàn)而又有一定準(zhǔn)確性的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法顯得格外重要，近年來(lái)在這個(gè)方面取得了很多重要的成果。
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的理論預(yù)測(cè)方法都是建立在氨基酸的一級(jí)結(jié)構(gòu)決定結(jié)構(gòu)的理論基礎(chǔ)上，大致分為以下三類。
（1）比較建模法又稱為同源結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，是根據(jù)大量已知的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)來(lái)預(yù)測(cè)序列已知而結(jié)構(gòu)未知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
（2）反向折疊法反向折疊法是近年來(lái)發(fā)展起來(lái)的一種比較新的方法。它可以應(yīng)用到?jīng)]有同源結(jié)構(gòu)的情況下，且不需要預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)，直接預(yù)測(cè)三級(jí)結(jié)構(gòu)，從而可以繞過(guò)現(xiàn)階段二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性不超過(guò)65％的限度，是一種有潛力的預(yù)測(cè)方法。
（3）從頭預(yù)測(cè)法從理論上說(shuō)，從頭預(yù)測(cè)法是zui為理想的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法。它要求方法本身可以只根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸序列來(lái)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)和結(jié)構(gòu)，但現(xiàn)在還不能*達(dá)到這個(gè)要求。
根據(jù)對(duì)天然蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析建立起來(lái)的數(shù)據(jù)庫(kù)里的數(shù)據(jù)，可以預(yù)測(cè)一定氨基酸序列肽鏈空間結(jié)構(gòu)和生物功能；反之也可以根據(jù)特定的生物功能，設(shè)計(jì)蛋白質(zhì)的氨基酸序列和空間結(jié)構(gòu)。通過(guò)基因重組等實(shí)驗(yàn)可以直接考察分析結(jié)構(gòu)與功能之間的關(guān)系。
3、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)實(shí)驗(yàn)測(cè)定
根據(jù)蛋白質(zhì)的狀態(tài)，測(cè)定蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的方法分為兩大類：①應(yīng)用X射線晶體衍射圖譜法和中子衍射法測(cè)定晶體中的蛋白質(zhì)分子構(gòu)象。②應(yīng)用核磁共振法、園（圓）二色性光譜法、激光拉曼光譜法、熒光光譜法、紫外差光譜法和氫同位素交換法等測(cè)定溶液中的蛋白質(zhì)構(gòu)象。
其他方法可以測(cè)定溶液中蛋白質(zhì)分子的局部構(gòu)象，但很難獲得蛋白質(zhì)分子完整的三維結(jié)構(gòu)，在應(yīng)用上存在較大的局限性。
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